Masteroppgaver hos PEP - The Protein Engineering and Proteomics Group

PEP-gruppa er en stor, robust, internasjonal gruppe med høy faglig kompetanse og trivelig miljø. Vi forsker på alt om enzymer, fra grunnleggende studier til anvendelser, bioraffinering og mikrobiologi.

Vår grunnleggende forskning kombineres med anvendt forskning; vi jobber ofte sammen med industrien.

Hvis du vurderer en masteroppgave hos ber vi deg om å først lese all informasjon som du finner nedenfor. Hvis du så tar kontakt, ber vi deg om følgende informasjon:

1. Vil du ha en 30 eller 60 ECTS oppgaven? (Vi anbefaler 60)
2. Når skal du etter planen levere oppgaven?
3. Hvor tok du din bachelor?
4. Hvilke metoder er du meste interessert i å lære mer om?
5. Hvilke tema (for MSc oppgaven din) er du mest interessert i? (nevn gjerne flere)
6. Hvis vi ikke kan tilby deg en oppgave på ønsket tema, som angitt i svaret på punkt 5, er du da fremdeles interessert i å skrive din MSc oppgave hos oss?»

Anbefalte emner dersom du skal velge masteroppgave hos PEP – Protein Engineering and Proteomics Group: 

Obligatoriske emner for alle som tar MSc ved PEP: 

KJB310 – Proteinkjemi (høst) (10 stp.) 

BIO332 – Eksperimentell molekylær mikrobiologi (januar/vår) (10 stp.)

Sterkt anbefalte ved enzymfokusert oppgave (grunnleggende): 

KJM310 – Kromatografi (høst, forkunnskap; analytisk kjemi – kan diskuteres med Dag Ekeberg) (10 stp.) 

KJM230 – Fysikalsk kjemi - høst (10 stp.) 

Sterkt anbefalte ved enzymfokusert oppgave (anvendt): 

BIO335 – Anvendt biokatalyse og bioraffinering (vår) (5 stp.) 

Sterkt anbefalte ved omics-relaterte oppgaver: 

BIO326 – Genomsekvensering: Verktøy og analyser (vår) (10 stp.) 

BIO322 – Molekylær genomanalyse (høst) (10 stp.) 

KJB320 – Proteomikk I (jan/vår) (5 stp.) 

BIN310 – Utvalgte emner i genomanalyse (høst) (10 stp.) 

Sterkt anbefalte ved melkesyrebakterier/patogener: 

BIO322 – Molekylær genomanalyse (høst) (10 stp.) 

MVI322 – Patogene mikroorganismer (vår) (10 stp.) 

BIO301 – Avansert cellebiologi (vår) (10 stp.) 

Eksempler på masteroppgaver hos PEP-gruppa:

Kan vi finne eller utvikle enzymer til resirkulering av plast?

SmartPlast er en av NMBUs bærekraftsarenaene og i PEP-gruppa bidrar vi med å finne og utvikle enzymer som kan brukes til å bryte ned plast til sine opprinnelige byggesteiner, slik at plasten kan resirkuleres. Enzymjakten involverer mye basis biokjemi (rensing, karakterisering) men også «meta-omics» (med Memo subgruppen) og kloning. Vi har også svært interessante oppgaver innen «enzym engineering» hvor vi skal utvikle helt nye enzymer for resirkulering av plast. 

Klikk her for kontaktpersoner og mer info

Visste du at bare ca 1 % av alle eksisterende bakterier kan kultiveres?

Med moderne metagenomikk kan vi få innsyn i komplette bakteriesamfunn, og vi har noen av landets fremste eksperter hos oss. Hva med også å klone noen av de mest spennende enzymene og karakterisere dem? Arbeidet vil inkludere bioinformatikk, diverse «-omics» teknologier, og proteinkjemiske metoder. Ta kontakt med (MEMO subgroup): 

Hvordan bryter en bakterie ned et komplekst materiale?

Hvilke enzymer benytter den og når skilles de ut? Før i tiden kikket man på noe få enzymer av gangen. Nå har vi muligheten til å se på alle samtidig. Arbeidet vil inkludere mange protein relaterte teknikker, proteomikk, «state-of-the-art» massespektrometriog og andre biokjemiske analysemetoder. 

Vi studerer blant annet mikroorganismer som bruker plast som kilde for deres vekst og som har enzymer som kan brukes til å resirkulere plastavfall. Vi tar sikte på å forstå de mikrobielle metabolske veiene som er ansvarlige for opptak og assimilering av plastfragmenter. Oppgavene omfatter både våtlab- og tørrlab- eksperimenter, inkludert isolering av bakterier fra tarmen av insekter eller miljøprøver, PCR, utvinning av høymolekylært DNA, bruk av den nyeste DNA-sekvenseringsteknologi (Oxford Nanopore Technology), og bioinformatikk. Ta gjerne en prat med:

Vil du dykke dypt ned i enzymenes hemmeligheter?

Har du lyst til å prøve å finne ut hvordan disse enzymene fungerer? Vil du forbedre dem gjennom «enzymeengineering»? Arbeidet inkluderer mutagenese, avansert biokjemisk analyse og strukturbiologi, samt robotiserte analyse platformfor effektiv screening av mutantbiblioteker. Hvis du er interessert kan du for eksempel ta en prat med vinneren av NMBUs forskningspris:

Hvor mye sukker klarer man å få ut av cellulose-rik biomasse ved hjelp av enzymer?

Hvilke enzymer er viktige? Hvordan kan vi fermentere sukkeret til nyttige produkter, f eks laksefôr? Kan vi bruke enzymer til å skape verdi ut av biprodukter fra fisk og kjøttproduksjon (avskjær, fjær, blod)? Vi kjører flere anvendte prosjekter innenfor disse tema sammen med Bioref-gruppen, og i tett samarbeid med relevant og engasjert industri (F eks. Borregaard, Norilia). Her blir det bioprosess-teknologi, enzymologi, og avanserte biokjemiske analyser. Interessert –da bør du også snakke med Svein Horn i Bioref-gruppen.

Hundre millioner bakterier i en teskje jord – hva gjør de egentlig, og hvordan?

Bakterier i jord har det ikke så lett: noen ganger har de god tilgang på oksygen, andre ganger vil langvarig regn gi anaerobe forhold. Likevel bryter jordbakteriene ned planter og insektskall uten problem. Hvordan gjør de dette med varierende grad av O2 tilgjengelig? Hvilke enzymer bruker de?  Hvilken rolle har N-syklusen i dette? De to hovedkomponentene i planterester er lignin og cellulose, og begge disse brytes ned av jordbakteriene. Kan vi identifisere enzymene som bryter ned lignin og cellulose i jorda og utnytte dette som en fornybar ressurs og dermed bidra til et mindre behov for olje? Ta kontakt med:

Hvorfor er noen bakterier bra for oss?

Hvordan intereagerer disse bakterier med kroppen vår? Kan vi utnytte disse bakterier til å levere medisiner direkte i tarmen, f.eks en vaksine mot kreft eller tuberkulose? Dette er vår mest molekylære-og cellebiologiske prosjekt, ledet av Geir Mathiesen. Metodene som benyttes inkluderer PCR, kloning, celledyrkning, ELISA og mikroskopering.

Hvordan klarer noen bakterier å lure immunforsvaret?

Vi er på sporet av noen nye viktige enzymer som sykdomsbakterier bruker for å skape infeksjon i fisk og menneske. Vil du forske på dette, ta en prat med Gustav Vaaje-Kolstad. Oppgavene vil blant annet inneholde genkloning, protein uttrykk og rensing og karakterisering, studier av sykdomsbakterier og deres samspill med vertsproteiner og vertsceller.